《办法》指出，党建工作指导员要围绕“加强基层组织建设，促进健康发展，建设先进文化，服务职工群众，维护和谐稳定”目标要求，充分发挥自身和派出单位优势，帮助非公企业和社会组织抓好党建工作，争取项目资金、引进人才，塑造积极向上的企业文化，构建和谐劳动关系，促进非公企业和社会组织健康稳定发展。党建工作指导员管理工作在各级党委统一领导下，由组织部门牵头抓总、非公工委组织实施、派出和派驻单位支持配合、齐抓共管。
《办法》要求，各地各单位要加强对党建工作指导员的日常管理，落实到岗制度、报告制度、例会制度、督查制度、请销假制度、调整制度。党建工作指导员任期2年，每名专职党建工作指导员一般联系帮扶5家非公企业或社会组织，每周到所联系单位不少于2次；每名兼职党建工作指导员一般联系帮扶3家非公企业或社会组织，每周到所联系单位不少于1次。要强化考核奖惩，对党建工作指导员进行年度考核和任期考核，并将考核结果作为干部评先评优、提拔重用的重要依据。要做好保障措施，各派出单位要保障党建工作指导员有关待遇，给予专项工作津贴；派驻单位要为党建工作指导员开展党建工作提供必要的工作经费、场所和适当的办公条件。要注重培育选树先进典型，各地对表现突出、工作成绩明显的，采取适当方式进行表彰，同时大力宣传好的做法和经验，营造浓厚氛围。
